Der Hauptentwickler von Assassins Creed Shadows versichert den Spielern, dass die Auswahl eines einzelnen Protagonisten ihre Erfahrungen nicht wesentlich beeinflussen wird. Das Spiel zeigt zwei spielbare Charaktere: Naoe, eine weibliche Shinobi, und Yasuke, eine historische afrikanische Samurai, deren Aufnahme vor der Veröffentlichung hervorgerufen hat.
Es ergaben Bedenken, dass die Konzentration auf einen Charakter zu verpassten Story -Elementen oder zu Gameplays führen könnte. Der Kreativdirektor Jonathan Dumont sprach diese Bedenken an und beschrieb seinen eigenen ausgewogenen Ansatz: Er wechselt zwischen Naoe und Yasuke und spielte mehrere Stunden mit einem, bevor er zum anderen wechselte.
Dumont betont jedoch, dass die Spieler durch die Bevorzugung eines Charakters nicht wesentlich benachteiligt werden. Während jeder Protagonist einzigartige Eröffnungssequenzen und persönliche Handlungsstränge aufweist, passt sich die Kernerzählung an die Wahl des Spielers an. Er ermutigt die Spieler, ihren bevorzugten Charakter zu priorisieren: "Die Kernerfahrung ist flexibel. Wählen Sie Ihren Favoriten; die Erzählung wird sich anpassen." Während individuelle Charakterbögen existieren, bleibt die Gesamtgeschichte im Wesentlichen zugänglich, unabhängig davon, welcher Protagonist in erster Linie gespielt wird.