Le développeur principal d'Assassin's Creed Shadows assure aux joueurs que le choix d'un seul protagoniste n'aura pas d'impact significatif sur leur expérience. Le jeu présente deux personnages jouables: Naoe, une femme Shinobi, et Yasuke, un samouraï africain historique, dont l'inclusion a généré un buzz pré-libération.
Des inquiétudes se sont présentées que se concentrer sur un personnage pourrait conduire à des éléments d'histoire manqués ou à un gameplay. Le directeur créatif Jonathan Dumont a répondu à ces préoccupations, décrivant sa propre approche équilibrée: il bascule entre Naoe et Yasuke, jouant plusieurs heures avec l'un avant de passer à l'autre.
Cependant, Dumont souligne que les joueurs ne seront pas significativement désavantagés en favorisant un personnage. Alors que chaque protagoniste possède des séquences d'ouverture uniques et des scénarios personnels, le récit principal s'adapte au choix du joueur. Il encourage les joueurs à hiérarchiser leur personnage préféré: "L'expérience de base est flexible. Choisissez votre préféré; le récit s'adaptera." Essentiellement, alors que des arcs de caractère individuels existent, l'histoire globale reste accessible, quel que soit le protagoniste principalement joué.