हत्यारे के पंथ छाया के प्रमुख डेवलपर ने खिलाड़ियों को आश्वासन दिया कि एक एकल नायक चुनना उनके अनुभव को काफी प्रभावित नहीं करेगा। खेल में दो खेलने योग्य पात्र हैं: नाओ, एक महिला शिनोबी, और यासुके, एक ऐतिहासिक अफ्रीकी समुराई, जिनके समावेश ने पूर्व-रिलीज़ बज़ उत्पन्न किया है।
चिंताएं पैदा हुईं कि एक चरित्र पर ध्यान केंद्रित करने से कहानी के तत्व या गेमप्ले को याद किया जा सकता है। क्रिएटिव डायरेक्टर जोनाथन ड्यूमॉन्ट ने इन चिंताओं को संबोधित किया, अपने स्वयं के संतुलित दृष्टिकोण का वर्णन करते हुए: वह नाओ और यासुके के बीच स्विच करता है, दूसरे पर स्विच करने से पहले एक के साथ कई घंटे खेलता है।
हालांकि, ड्यूमॉन्ट इस बात पर जोर देता है कि खिलाड़ियों को एक चरित्र का पक्ष लेने से काफी वंचित नहीं किया जाएगा। जबकि प्रत्येक नायक अद्वितीय उद्घाटन अनुक्रमों और व्यक्तिगत स्टोरीलाइन का दावा करता है, कोर कथा खिलाड़ी की पसंद के लिए तैयार होती है। वह खिलाड़ियों को अपने पसंदीदा चरित्र को प्राथमिकता देने के लिए प्रोत्साहित करता है: "मुख्य अनुभव लचीला है। अपने पसंदीदा को चुनें; कथा को अनुकूलित करेगा।" अनिवार्य रूप से, जबकि व्यक्तिगत चरित्र आर्क मौजूद हैं, समग्र कहानी इस बात की परवाह किए बिना सुलभ है कि नायक मुख्य रूप से खेला जाता है।