Pemaju utama Assassin's Creed Shadows 'memberi jaminan kepada pemain bahawa memilih protagonis tunggal tidak akan memberi kesan kepada pengalaman mereka. Permainan ini mempunyai dua watak yang boleh dimainkan: Naoe, seorang wanita shinobi, dan Yasuke, samurai Afrika bersejarah, yang dimasukkannya telah menghasilkan buzz pra-pelepasan.
Kebimbangan timbul yang memberi tumpuan kepada satu watak mungkin membawa kepada elemen cerita yang tidak dijawab atau permainan. Pengarah Kreatif Jonathan Dumont membincangkan kebimbangan ini, menggambarkan pendekatan seimbangnya sendiri: dia beralih antara Naoe dan Yasuke, bermain beberapa jam dengan satu sebelum beralih ke yang lain.
Walau bagaimanapun, Dumont menekankan bahawa pemain tidak akan kurang bernasib baik dengan memihak kepada satu watak. Walaupun setiap protagonis mempunyai urutan pembukaan yang unik dan jalan cerita peribadi, naratif teras menyesuaikan diri dengan pilihan pemain. Dia menggalakkan pemain untuk mengutamakan watak pilihan mereka: "Pengalaman teras fleksibel. Pilih kegemaran anda, naratif akan menyesuaikan diri." Pada asasnya, sementara arka watak individu wujud, cerita keseluruhan tetap diakses tanpa mengira protagonis yang dimainkan terutamanya.