O desenvolvedor principal da Assassin's Creed Shadows garante aos jogadores que a escolha de um único protagonista não afetará significativamente sua experiência. O jogo apresenta dois personagens jogáveis: Naoe, uma fêmea Shinobi e Yasuke, um samurai africano histórico, cuja inclusão gerou um burburinho de pré-lançamento.
Surgiram preocupações de que o foco em um personagem pode levar a elementos ou jogabilidade perdidos. O diretor criativo Jonathan Dumont abordou essas preocupações, descrevendo sua própria abordagem equilibrada: ele alterna entre Naoe e Yasuke, jogando várias horas com uma antes de mudar para o outro.
No entanto, Dumont enfatiza que os jogadores não serão significativamente desfavorecidos, favorecendo um personagem. Enquanto cada protagonista possui sequências de abertura exclusivas e histórias pessoais, a narrativa principal se adapta à escolha do jogador. Ele incentiva os jogadores a priorizar seu caráter preferido: "A experiência principal é flexível. Escolha o seu favorito; a narrativa se adaptará". Essencialmente, embora existam arcos de caráter individuais, a história geral permanece acessível, independentemente de qual protagonista é tocado principalmente.