Lo sviluppatore principale di Assassin Creed Shadows assicura ai giocatori che la scelta di un singolo protagonista non avrà un impatto significativo sulla loro esperienza. Il gioco prevede due personaggi giocabili: Naoe, uno shinobi femminile e Yasuke, uno storico samurai africano, la cui inclusione ha generato un ronzio pre-release.
Sono sorse le preoccupazioni che concentrarsi su un personaggio potrebbero portare a elementi o gameplay mancati. Il direttore creativo Jonathan Dumont ha affrontato queste preoccupazioni, descrivendo il suo approccio equilibrato: cambia tra Naoe e Yasuke, giocando diverse ore con una prima di passare all'altra.
Tuttavia, Dumont sottolinea che i giocatori non saranno significativamente svantaggiati favorendo un personaggio. Mentre ogni protagonista vanta sequenze di apertura uniche e trame personali, la narrativa principale si adatta alla scelta del giocatore. Incoraggia i giocatori a dare la priorità al loro personaggio preferito: "L'esperienza di base è flessibile. Scegli il tuo preferito; la narrazione si adatterà". In sostanza, mentre esistono archi di personaggi individuali, la storia generale rimane accessibile indipendentemente da quale protagonista sia principalmente suonato.