De hoofdontwikkelaar van Assassin's Creed Shadows verzekert spelers dat het kiezen van een enkele hoofdrolspeler hun ervaring niet significant zal beïnvloeden. De game bevat twee speelbare personages: NAOE, een vrouwelijke shinobi en Yasuke, een historische Afrikaanse samurai, wiens inclusie pre-release buzz heeft gegenereerd.
Er ontstonden bezorgdheid dat de focus op één personage kan leiden tot gemiste verhaalelementen of gameplay. Creatief directeur Jonathan Dumont ging over deze zorgen, die zijn eigen evenwichtige aanpak beschrijft: hij schakelt tussen NAOE en Yasuke, speelt enkele uren met de ene voordat hij naar de andere overstapt.
Dumont benadrukt echter dat spelers niet aanzienlijk zullen worden benadrukt door één personage te begunstigen. Terwijl elke hoofdrolspeler unieke openingssequenties en persoonlijke verhaallijnen heeft, past het kernverhaal zich aan de keuze van de speler aan. Hij moedigt spelers aan om prioriteit te geven aan hun favoriete personage: "De kernervaring is flexibel. Kies je favoriet; het verhaal zal zich aanpassen." In wezen, hoewel individuele karakterbogen bestaan, blijft het algemene verhaal toegankelijk, ongeacht welke protagonist voornamelijk wordt gespeeld.