Nhà phát triển chính của Assassin Creed Shadows đảm bảo cho người chơi rằng việc chọn một nhân vật chính sẽ không ảnh hưởng đáng kể đến trải nghiệm của họ. Trò chơi có hai nhân vật có thể chơi được: Naoe, một nữ Shinobi và Yasuke, một Samurai châu Phi lịch sử, người đã đưa ra tiếng vang trước khi phát hành.
Mối quan tâm nảy sinh rằng việc tập trung vào một nhân vật có thể dẫn đến các yếu tố câu chuyện bị bỏ lỡ hoặc trò chơi. Giám đốc sáng tạo Jonathan Dumont đã giải quyết những mối quan tâm này, mô tả cách tiếp cận cân bằng của riêng mình: ông chuyển đổi giữa Naoe và Yasuke, chơi vài giờ với một trước khi chuyển sang người kia.
Tuy nhiên, Dumont nhấn mạnh rằng người chơi sẽ không bị thiệt thòi đáng kể khi ủng hộ một nhân vật. Trong khi mỗi nhân vật chính tự hào có các chuỗi mở đầu và cốt truyện cá nhân duy nhất, thì câu chuyện cốt lõi thích nghi với sự lựa chọn của người chơi. Ông khuyến khích người chơi ưu tiên nhân vật ưa thích của họ: "Trải nghiệm cốt lõi là linh hoạt. Chọn yêu thích của bạn; câu chuyện sẽ thích nghi." Về cơ bản, trong khi các vòng cung nhân vật cá nhân tồn tại, câu chuyện tổng thể vẫn có thể truy cập được bất kể nhân vật chính nào được chơi chủ yếu.